清洗消毒室宜分开，考虑到支气管镜可能存在分枝污染的风险，有条件的机构建议气管镜的清洗消毒室单独设置；条件不具备时洗消可以放在一个房间，但不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。同时必须做好清洗消毒室工作人员职业防护、房间通风换气。　清洗槽清洗机应分开不同系统（如呼吸、消化系统）软式内镜的清洗槽、内镜自动清洗消毒机应分开设置和使用。清洗过程会有残留细菌的污染，考虑到不同系统的内镜污染的细类不同，其对常用消毒剂抵抗力也不同，一旦交叉污染可能会造成，“规范”要求应分开。腔镜器械所涉及较多，种类较多，且价格昂贵，结构复杂、精细，因此对清洗和消毒灭菌的要求也更高。

　手术器械的彻底清洗是保证灭菌成功的关键，也是控制医院的一个重要因素。污染器械上血液和体液等有机物变干会增加清洗的难度，易使常规的清洗方法变得无效。研究表明：若手术器械使用后到器械清洗中间时间间隔＜1h，清洗合格率为99.21%。既包括了解酸化水等可能造成的腐蚀作用，也包括使用测试卡等方式保证液体消毒/灭菌剂有合适的有效浓度。若时间间隔＞1h，清洗合格率则会降到63.93%。

　　德国器械工作小组在《器械的正确维护和保养》方案中也推荐，污染器械的处理时间不宜超过6h。如果污物干涸，一方面增加清洗难度，另一方面会加快器械的磨损程度，缩短使用寿命。加上手术室——供中心一体化、消毒供应中心区域化的未来发展模式下，因器械清点、交接、转运等环节的影响，手术结束立马清洗的可能性受到很大的限制。德国器械工作小组在《器械的正确维护和保养》方案中也推荐，污染器械的处理时间不宜超过6h。故保湿处理对灭菌前器械的合格清洗是非常重要的。

不同种类的内镜，或者相同种类但由不同厂商生产的内镜，其适用消毒或者灭菌方式可能不同。应在购买后使用前仔细阅读厂商说明书。

　　14.注意液体消毒/灭菌剂是否合格。既包括了解酸化水等可能造成的腐蚀作用，也包括使用测试卡等方式保证液体消毒/灭菌剂有合适的有效浓度。

　　15．胆道镜、镜等可进行灭菌的软式内镜，在灭菌前要盖好帽。灭菌时步是抽真空，如果不盖好盖帽则导致气压不平衡引发的爆裂。

　　16．装入活检钳等附件时要多加检查。首先避免插入的附件“张冠李戴”，其次要确保附件本身是完好的，损坏的附件硬性插入也会导致内镜管道的损坏或者堵塞。